Фонд создан по инициативе В.В.Путина в 1999 году и является общественным объединением, осуществляющим благотворительную деятельность за счет добровольных пожертвований юридических и физических лиц.
В соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 25 декабря 2002 года № 926, Фонд отнесен к благотворительным организациям, осуществляющим единовременную материальную помощь физическим лицам в виде гуманитарной помощи, а также в виде благотворительной помощи, суммы которой не подлежат налогообложению. Первоначальное название фонда, “Национальный Военный Фонд”, отражало цели создания фонда - оказание социальной поддержки военнослужащим (сотрудникам) министерств и ведомств Российской Федерации, членам их семей, ветеранам, а также другим категориям граждан.  
Достигнутые Фондом результаты благотворительной деятельности и авторитет общественного объединения послужили основанием для расширения его функций. На основании распоряжений Президента РФ в 2007, 2008 и 2009 годах Фонду предоставлено право проводить Конкурсы среди некоммерческих организаций на получение грантов для осуществления конкретных социальных проектов. Эти изменения также были отражены в смене названия фонда - “Национальный благотворительный фонд“. Указанные дополнительные полномочия утверждены Общим собранием участников Фонда 19 апреля 2007 года.  
Фонд работает под патронатом Главы государства, в контакте с Администрацией Президента России, его полномочными представителями в федеральных округах, руководителями субъектов Российской Федерации, силовыми министерствами и ведомствами. 
В настоящий момент, основными направлениями работы Фонда являются:
1. Проведение ежегодных конкурсов по выделению грантов некоммерческим неправительственным организациям в соответствии с распоряжениями Президента РФ. Гранты выделяются на реализацию проектов по осуществлению программ и научных исследований в сфере поддержки и социального обслуживания малоимущих и социально незащищенных категорий граждан. 
2. Реализация благотворительной программы «Социальная поддержка военнослужащих», которая состоит из целевых подпрограмм: «Здоровье», «Улучшение жилищных условий», «Социальная адаптация увольняемых военнослужащих», «Материальная помощь»,«Благотворительная поддержка детей-сирот».